Pasca terjadinya letusan Gunung Merapi pada hari Jumat, 5 November 2010 lalu, kegiatan belajar mengajar diliburkan hingga hari Rabu 10 November 2010. Keputusan libur ini diambil oleh sekolah mengingat kondisi yang tidak kondusif di sekolah.
Kebijakan ini berdampak langsung dengan kondisi asrama/Ma'had As-Sakinah yang kebanyakan santrinya berasal dari luar Yogya. Beberapa santri mengaku memilih untuk pulang karena ditelpon orangtuanya di rumah yang khawatir dengan aktivitas merapi. Mudir ma'had, Ustadz Fauzi, S.S berkali-kali dihubungi oleh orangtua santri yang mengkhawatirkan kondisi santrinya di asrama. Selain itu beberapa santri lain yang berasal dari luar Jawa memilih untuk pulang ke rumah familinya yang ada di Yogya ataupun ikut temannya yang rumahnya masih di sekitar Yogya. Kondisi semacam ini membuat kegiatan rutin di asrama, yaitu talaqi (kajian) ba'da maghrib dan bimbingan belajar (Bimbel) diliburkan. Rencananya kedua kegiatan ini akan kembali dilaksanakan pada hari Kamis (11/11) mendatang.
